Ubuntu 18.04系统安装pdb2pqr的详细步骤

本文目录导读：

1. 安装前的准备工作
2. 安装pdb2pqr

pdb2pqr是一款用于生物分子结构处理的软件，它能够将蛋白质、核酸等生物大分子的PDB文件转换为PQR文件，以便于更准确地计算静电势能，在Ubuntu 18.04系统中安装pdb2pqr需要一定的步骤，下面将详细介绍如何在Ubuntu 18.04系统中安装pdb2pqr。

安装前的准备工作

在开始安装之前，需要确保你的Ubuntu 18.04系统已经更新到最新版本，可以通过以下命令进行更新：

sudo apt update
sudo apt upgrade

安装pdb2pqr

1、添加pdb2pqr软件源

需要将pdb2pqr软件源添加到系统中，打开终端，并输入以下命令：

echo "deb http://ftp.de.debian.org/debian/ jessie main" | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/jessie.list

2、安装依赖项

pdb2pqr的安装需要一些依赖项，在终端中输入以下命令来安装这些依赖项：

sudo apt install -y libboost-dev libboost-system-dev libboost-filesystem-dev libboost-program-options-dev libboost-thread-dev libfreetype6 libfreetype6-dev libpng16-16 libpng16-dev libssl-dev

3、下载并安装pdb2pqr

接下来，需要从官方网站下载pdb2pqr的安装包，并将其解压到指定目录，在终端中输入以下命令：

wget http://biocomp.chem.uw.edu.pl/PDB2PQR_1.5/source/pdb2pqr_1.5.tar.gz
tar -zxvf pdb2pqr_1.5.tar.gz
cd pdb2pqr_1.5

使用以下命令进行编译和安装：

./configure --prefix=/usr/local
make
sudo make install

这将编译pdb2pqr并安装到/usr/local目录下，你可以通过以下命令验证安装是否成功：

which pdb2pqr

如果安装成功，该命令将返回pdb2pqr的路径。

4、配置环境变量

为了方便使用pdb2pqr，需要将其添加到环境变量中，打开终端，并编辑~/.bashrc文件：

nano ~/.bashrc

在文件的末尾添加以下行：

export PATH=/usr/local/bin:$PATH

保存并关闭文件后，使用以下命令使更改生效：

source ~/.bashrc